Het is de missie van Sea Shepherd om weerloze zeedieren te beschermen en een einde te maken aan de vernietiging van leefgebieden in de oceanen van de wereld. Sinds 1977 gebruikt Sea Shepherd innovatieve directe actietactieken om de uitgebalanceerde biodiversiteit van onze zeeën te verdedigen, te behouden en te beschermen en om internationale natuurbeschermingswetten te handhaven. Van de vriendelijke reuzen van de zee tot de kleinste wezens, de missie van Sea Shepherd is om alle soorten zeedieren die in onze oceanen leven te beschermen. Hun campagnes hebben walvissen, dolfijnen, zeehonden, haaien, pinguïns, schildpadden, vissen, krill en watervogels verdedigd tegen stroperij, niet-duurzame visserij, vernietiging van leefgebieden en uitbuitende gevangenschap.

De oceaanomgeving is een ingewikkeld uitgebalanceerd ecosysteem dat is ontworpen om het zeeleven te ondersteunen en in stand te houden. Om echt te gedijen, hebben ze veilige heiligdommen nodig om hun jongen te voeden, te paren en groot te brengen zonder vervuiling, destructief vistuig, plastic en ander zeeafval dat de zeedieren verstikt en hun leefgebieden vernietigt. Sea Shepherd verzet zich tegen de vervuiling van het kwetsbare ecosysteem door offshore boringen en visserij, evenals de vernietiging van koraalriffen door trawlvisserij en het verlies van nestplaatsen aan de kust door commerciële ontwikkeling.